Десять лет назад в мире открылись таинственные врата, соединяющие Землю с иным измерением, населённым чудовищами. Появились охотники — избранные, обладающие способностью входить в эти ворота и сражаться с монстрами. Среди них Сон Джин-у, чей охотничий ранг — минимальный E. Он не обладает особыми талантами, и его попытки стать сильнее заканчиваются неудачей, обрекая на скромное существование.
Вселенная «Доктора Стоуна» продолжает раскрываться в новом сезоне, где после масштабного петрификации человечества и его последующего научного возрождения главные герои стоят перед грандиозной задачей: построить корабль, способный пересечь океан. Без опыта настоящего моряка этот проект обречён, и команда Сэнку Ишигами совершает рискованный шаг — они находят и оживляют Рюсуй Нанами, наследника...
Сериал разворачивается через десять лет после эпической битвы с возрождённым Бахамутом. Человечество, воспользовавшись передышкой, активно восстанавливает разрушенную столицу, но ценой страшного труда тысяч порабощённых демонов. Боги, чья сила напрямую зависит от веры людей, стремительно теряют своё влияние, наблюдая, как человечество отворачивается от старого пантеона.