Том Бренд — успешный, но оторванный от семьи бизнесмен, для которого работа всегда на первом месте. Его дочь Ребекка мечтает о настоящем коте, и в отчаянной попытке купить подарок в последний момент Том отправляется в зоомагазин, выбирая самого величественного кота — Мистера Пушистые Штаны. По пути домой происходит трагическая, на первый взгляд, авария.
Третья часть культовой научно-фантастической комедии "Люди в чёрном" возвращает зрителей к истокам легендарного дуэта. Когда тайный инопланетный заговор ставит под угрозу само существование человечества, агент Джей осознаёт, что ключ к спасению скрыт в прошлом. Его напарник Кей был убит в 1969 году, и с ним вместе исчезла единственная надежда на защиту.
Четыре года после того как агенты Кей и Джей ликвидировали опасного инопланетного таракана, мир Кея рухнул. Его память стёрли, и теперь он обычный служащий Почтового департамента, не подозревающий о своей прошлой жизни как элитного оператива секретной организации «Люди в чёрном». Однако спокойствие длится недолго.