Фильм «Второй в команде» — это напряжённый военно-политический триллер, разворачивающийся на фоне остросюжетного кризиса в Молдавии. Когда страна оказывается на грани военного переворота, президент Юрий Амирева находит убежище в здании американского посольства. Для усиления охраны туда направляется опытный офицер спецназа Сэм Кинен, который должен стать правой рукой посла Джорджа Норлэнда.
Джек Фостер, некогда один из лучших правительственных шпионов, сумел оставить прошлое и устроить скромную, но спокойную жизнь в маленьком городке. Единственный свет в его существовании — маленькая дочь Аманда, для которой он готов на всё. Однако иллюзия безопасности рушится в один миг: во время обычной поездки девочку похищает загадочная женщина, севшая в их такси.
Майор Маршалл Лосон, опытный военный оперативник, сталкивается с личной трагедией — его элитная команда погибает в ходе секретной миссии под Чикаго. Официальная версия сходится на «несчастном случае», но Лосон, не веря в случайность, начинает собственное расследование, которое быстро приводит его к серии зверских убийств, связанных с мощной субстанцией под кодовым названием CTX.