Фильм «Скуби-Ду 3: Тайна начинается» предлагает взглянуть на истоки легендарной команды расследователей. Это история о том, как застенчивый студент Шэгги и его новый необычный питомец Скуби-Ду, обладающий способностью говорить, находят друг друга. Их случайное знакомство перерастает в крепкую дружбу, которая становится основой для создания знаменитой «Корпорации Тайна».
Джулия Лундис — молодая женщина, чья внешняя уравновешенность и успешность в учёбе маскируют давние травмы. Когда её друг детства Билли кончает с собой после странного телефонного звонка, в котором упоминает «ночных монстров» из их прошлого, Джулия понимает: кошмары, мучившие их в детстве, стали реальностью.