Лино, парень по прозвищу Мазафакер, ведёт тихую жизнь курьера в Dead Meat City — месте, где преступность — часть повседневности. Его мир рушится после странного ДТП, которое оказывается не случайным. Внезапно в его жизнь врывается целый сонм жестоких гангстеров, а затем и вовсе инопланетные захватчики, жаждущие захватить планету.
Ами ведёт обычную жизнь японской школьницы, пока трагедия не врывается в её мир — её брат и его друг погибают от рук безжалостной банды хулиганов. В поисках правды она находит главаря преступников и с ужасом понимает, что те состоят в тайной и могущественной семье ниндзя, замешанной в якудза. Конфликт оборачивается для Ами личной катастрофой: она теряет руку.
Знакомьтесь с Микеланджело, Донателло, Рафаэлем и Леонардо — четырьмя мутировавшими черепашками, выросшими в тени нью-йоркских канализации под руководством мудрого наставника, мастера Сплинтера. Обученные искусству ниндзюцу, они становятся последней надеждой города на спасение от коварных планов своего извечного врага, заклятого врага Шреддера, и его загадочного клана Фут.