На протяжении тысячелетий тайный Орден боевых искусств был незримым щитом человечества, отбивая регулярные вторжения инопланетной расы, возникавшие каждые шесть лет. Их методы, основанные на древнем искусстве джиу-джитсу, всегда обеспечивали победу. Однако очередное вторжение отличается от предыдущих — захватчики мобильнее, смертоноснее и нацелены на тотальное уничтожение.
На борту грузового судна, следующего из Бразилии в США, оказывается неожиданная и смертельно опасная комбинация: опытный охотник и зверолов Фрэнк Уолш, перевозящий в зоопарк пойманного им редкого белого ягуара, и Маркус, опасный убийца, которого по медицинским показаниям нельзя было доставить самолетом.
Действие разворачивается в Амарилло — небольшом городе на севере Техаса, где строгие моральные устои и консервативные взгляды сталкиваются с открытой провокацией панк-рок сообщества. Фильм детально показывает, как изначально локальный культурный конфликт, выраженный в актах вандализма и музыкальных выступлениях, постепенно эскалирует в открытое насилие.
Мрачный Нью-Йорк пал под власть Шреддера и его безжалостного Клана Фут, контролирующих город от полицейских участков до мэрии. Надежда появляется из самого неожиданного места — из канализации, откуда выходят четверка братьев-изгоев, обученных искусству ниндзюцу. Леонардо, Донателло, Рафаэль и Микеланджело — это Черепашки-ниндзя, и им предстоит принять своё предназначение.