После событий первой части Соник обживается в тихом Грин-Хилзе, мечтая стать настоящим героем. Его шанс выходит, когда безумный доктор Роботник возвращается с новым, грозным союзником — древним воином Наклзом, который обладает невероятной силой и летает на реактивном ранце. Вместе они разыскивают легендарный Камень Мастер-Излучение, могущественный артефакт, способный стирать целые миры с лица...
Том Бренд — успешный, но оторванный от семьи бизнесмен, для которого работа всегда на первом месте. Его дочь Ребекка мечтает о настоящем коте, и в отчаянной попытке купить подарок в последний момент Том отправляется в зоомагазин, выбирая самого величественного кота — Мистера Пушистые Штаны. По пути домой происходит трагическая, на первый взгляд, авария.