Продолжение эпической космической саги brings кульминацию многолетней борьбы с угрозой Орайев. После обнаружения существования тайных «суперворот», способных пропускать целые флоты, команда SG-1 понимает, что Земля стоит на пороге тотального уничтожения. Единственная надежда — древний артефакт, Ковчег Истины, обладающий силой, способной обезвредить вражескую армию раз и навсегда.
Действие происходит спустя несколько лет после закрытия отдела по расследованию паранормальных явлений. Фокс Малдер, отстранённый от службы и живущий в уединении, и Дана Скалли, вернувшаяся к медицинской практике, вынужденно отошли от дел. Их спокойствие нарушает срочный вызов: исчезает без вести агент ФБР, и официальное расследование заходит в тупик.