Детство Джейн и её братьев и сестёр — это странное смешение приключений и лишений. Их родители, Розетт и Рекс, отказываются от условностей общества, ведя кочевой образ жизни. Отец, умный и обаятельный, но страдающий от алкоголизма, поёт детям песни и придумывает невероятные истории. Мать, свободная художница, живёт в своём мире, создавая шедевры, но не заботясь о бытовых нуждах.
В тихом, заброшенном доме живёт одинокая девочка Стефани, чей мир ограничен стенами и странными, пугающими играми. Её существование, полное тишины и странных ритуалов, резко нарушается появлением мужчины и женщины, которые представляются её давно пропавшими родителями. Они заявляют, что пришли, чтобы вернуть её в общество, но их намерения и связь с прошлым ребёнка остаются под большим вопросом.
Фильм «Капитан Фантастик» рассказывает историю Бена, бывшего философа, который отказался от общественной жизни и вместе с шестью детьми живёт в изоляции в лесах Тихоокеанского Северо-Запада. Его дети получают блестящее домашнее образование: они свободно говорят на нескольких языках, изучают квантовую физику, читают классиков и ведут активный образ жизни, охотясь и готовя пищу на костре.