События происходят в вымышленной школе святой Лилианы, основанной в 1902 году в Мусасино. В этой школе существует «система сестёр» — старшие должны опекать младших, как своих сестёр. Совет школы здесь носит название Ямаюрикай, он состоит из трёх старших учениц, носящих имена-титулы Роз: Роза Хиненсис, Роза Фетида и Роза Гигантея. Младших Сестёр трёх Роз называют «бутонами».
Всё начинается с обычного школьного дня Кагомэ Хигураси, живущей в синтоистском храме. Попадая в старый колодец, она переносится в далёкое прошлое Японии — эпоху Sengoku, наполненную демонами и самураями. Там её судьба переплетается с судьбой Инуясё, полу-демона-истребителя, и она узнаёт, что с ней связан могущественный артефакт — Священный Кристалл, разбитый на осколки.