Действие разворачивается на марсианской почве через четверть века после событий, которые сделали Алека Мэйсона символом борьбы за свободу колоний. Но личная трагедия — убийство жены и похищение дочери Лиры — оставила глубокий шрам, а самого героя сломало горем. Теперь его сын Джейк, офицер войск Red Faction, вынужден столкнуться с новым витком насилия.
После событий первой части агент ФБР Малкольм Тёрнер мечтает спокойной жизни с беременной женой, но планы рушатся, когда его бывший напарник погибает при загадочных обстоятельствах. Следствие ведёт к влиятельному бизнесмену Тому Фуллеру, подозреваемому в разработке вируса для террористических целей.