События происходят в вымышленной школе святой Лилианы, основанной в 1902 году в Мусасино. В этой школе существует «система сестёр» — старшие должны опекать младших, как своих сестёр. Совет школы здесь носит название Ямаюрикай, он состоит из трёх старших учениц, носящих имена-титулы Роз: Роза Хиненсис, Роза Фетида и Роза Гигантея. Младших Сестёр трёх Роз называют «бутонами».
Действие разворачивается в XXII веке, когда человечество освоило межзвёздные перелёты, но столкнулось с новой опасностью. На удалённом аванпосте «Гатевей», расположенном рядом с нестабильным временным порталом, происходит первое столкновение с инопланетными существами — «интерумитами», способными перемещаться сквозь измерения.