К 2025 году Земля стала полноправным участником межпланетного сообщества, поддерживая отношения с numerous расами. Этот новый этап космической дипломатии оказывается под угрозой, когда возвращаются Тробиане — кочевая империя, известная методичным опустошением планет. Их целью вновь становится Земля, которую Император Грумм считает легкой добычей.
Третья и заключительная часть масштабной научно-фантастической саги братьев Вачовски продолжает историю борьбы освобождённого humanity против машин. Фильм развивается по двум параллельным сюжетным линиям. Первая — это отчаянная оборона подземного города Зион, где остатки человечества, включая Морфеуса и его команду, противостоят безжалостному натиску тысяч машин-стражей.