Главный герой — виртуозный исполнитель, чья жизнь подчинена строгой дисциплине и абсолютной секретности. Он годами безупречно выполняет миссии, получая зашифрованные инструкции лишь в определённых выпусках газет. Эта система казалась ему незыблемой, пока однажды он не узнаёт шокирующую правду: его отдел был официально закрыт много лет назад.
Кармен живёт в маленьком прибрежном городке, где её дни строго подчинены ритму церковных служб, заботам о родителях и устоявшимся обязанностям. Её жизнь, наполненная тихой самоотдачей, кажется ей естественной и единственно верной, пока однажды она не встречает незнакомца, чья свободная и страстная натура становится полной противоположностью её собственному миру.
Фильм «Агора» переносит зрителя в Александрию начала V века, когда великий античный мир, ослабленный внутренними раздорами, стоит на пороге глубоких перемен. Римская империя теряет былое могущество, а на её обломках стремительно возвышается новая сила — христианство, которое, опираясь на поддержку простого народа, начинает активно вмешиваться в политику.