Третья и заключительная часть масштабной научно-фантастической саги братьев Вачовски продолжает историю борьбы освобождённого humanity против машин. Фильм развивается по двум параллельным сюжетным линиям. Первая — это отчаянная оборона подземного города Зион, где остатки человечества, включая Морфеуса и его команду, противостоят безжалостному натиску тысяч машин-стражей.
Действие разворачивается в мрачном будущем 2017 года, где перенаселение и истощение планеты привели к жестокому тоталитарному контролю. Главный закон — каждый может иметь лишь одного ребенка. Бренник и его жена Карен, скорбя о потерянном сыне, нарушают этот запрет, надеясь на рождение второго. Их арестовывают и отправляют не в обычную тюрьму, а в «Крепость» — футуристическое исправительное...