Фильм «Тайна отца Амаро» — это остросоциальная драма, разворачивающаяся в современной (на момент съёмок) Латинской Америке, где нищета и политические бури соседствуют с незыблемыми религиозными догмами. Главный герой, падре Амаро, прибывает в небольшой городок для служения под руководством опытного наставника.
Детектив Херман Арета принимает дело, рекомендованное его бывшим комиссаром. Новый клиент, по имени Мигель Сампедро, является зрелым гомосексуалистом, которого после 20 лет связи, только что, бросил его партнер, и он хочет знать, есть ли между ними кто-то третий. Когда они оба оказываются мертвыми, кажется, что один убил другого, прежде чем покончить с собой.