Новый анимационный фильм переносит легендарного водопроводчика Марио и его друзей из знакомых миров в безграничные просторы космоса. События разворачиваются после триумфального спасения Бруклина, когда героям кажется, что мир обреёл покой. Однако тишина оказывается обманчивой: из тени вырисовывается коварный альянс, объединивший старания Варио и Боузера-младшего.
После успешной реабилитации и попытки вести законную жизнь бывшие преступники-злодеи из «Плохих парней» снова оказываются в центре бурных событий. Их путь к искуплению резко обрывается, когда в их жизнь врывается фигура из прошлого, предлагающая выполнить одно последнее, крайне рискованное задание, откоторого невозможно отказаться.