Действие разворачивается в мрачном будущем, где Земля превратилась в пустыню под властью инопланетных тварей. Оставшееся население — в основном дети, лишившиеся родителей в многолетней войбе. Единственный путь к спасению — огромный корабль «СкайАрк», готовый увести выживших с планеты. Главный герой, юный сын легендарного командира, берет на себя роль лидера.
Действие фильма разворачивается на тихой американской военной базе в 1945 году. Главный герой — семилетний Пеппер Флинн, чей отец, сержант артиллерии, оказывается в японском плену. Не в силах смириться с потерей, мальчик приходит к убеждению, что может совершить чудо и вернуть отца, если выполнит некое священное задание.