В начале 2000-х мечта Хэнка о футбольной славе рухнула из-за двух событий: болезненного расставания с Стейси и серьёзной травмы, причиной которой стало странное растение, быстро распространившееся по его родному Истбруку. Спустя годы он — незаметный учитель биологии, а единственный, кто ещё помнит ту историю, — его ученица Грейс, дочь Стейси от нового парня.
После таинственного пожара, унесшего жизни их родителей, трое одарённых детей — изобретательная Вайолет, книгочей Клаус и младшая Солнышко с сияющей улыбкой — оказываются на попечении ужасного графа Олафа. Их новое жилище — мрачное, запущенное особняк, а сам опекун с первого дня демонстрирует явное стремление к богатству покойных родителей.
Том Бренд — успешный, но оторванный от семьи бизнесмен, для которого работа всегда на первом месте. Его дочь Ребекка мечтает о настоящем коте, и в отчаянной попытке купить подарок в последний момент Том отправляется в зоомагазин, выбирая самого величественного кота — Мистера Пушистые Штаны. По пути домой происходит трагическая, на первый взгляд, авария.
Мрачный Нью-Йорк пал под власть Шреддера и его безжалостного Клана Фут, контролирующих город от полицейских участков до мэрии. Надежда появляется из самого неожиданного места — из канализации, откуда выходят четверка братьев-изгоев, обученных искусству ниндзюцу. Леонардо, Донателло, Рафаэль и Микеланджело — это Черепашки-ниндзя, и им предстоит принять своё предназначение.