Фильм «13 дней, 13 ночей» переносит зрителя в август 2021 года, в самый разгар трагических событий, сопровождавших окончательный вывод международных сил из Афганистана. Столица, Кабул, погружается в абсолютный хаос, а отступающие американские войска оставляют после себя вакуум власти, который тут же стремится заполнить движенье «Талибан».
После трагического инцидента, приведшего к увольнению из жандармерии, главный герой пытается построить спокойную жизнь, сосредоточившись на семье. Однако его планы рушатся в одночасье, когда неизвестные похищают его жену, находящуюся на поздних сроках беременности. То, что сначала выглядит как обычное преступление, быстро превращается в сложную игру, где прошлое настигает его с новой силой.
Командир жандармерии Солин Плассен думала, что ведёт насыщенную, но спокойную жизнь. Её сын уехал учиться в Париж, а она теперь заботится о своей матери. Всё переворачивается с ног на голову, когда ей поручают расследование странного убийства: тело 60-летнего мужчины было погружено в источник, который считается чудодейственным.