Действие разворачивается в конце XXI века, когда человечество разделено на несколько враждующих фракций. Причина конфликта — смертельный вирус, который не только превращает заражённых в гуманоидных существ, жаждущих крови, но и наделяет их сверхчеловеческими способностями и интеллектом. Однако этот дар оказывается роковым: носители вируса обречены на быстрое угасание и смерть.
Фильм «Эквилибриум» переносит зрителя в мрачное антиутопическое будущее, где Третья мировая война оставила после себя не только руины, но и тотальное отрицание человеческой природы. Чтобы предотвратить новые конфликты, тоталитарный режим под руководством «Отца» искореняет всё, что вызывает эмоции: искусство, музыку, литературу, а также саму способность чувствовать.