Глубоководные сейсмические взрывы, проведённые полярными геологами, нарушают покой древнего существа, обитавшего в арктических глубинах. Разгневанный кракен — гигантский, невероятно агрессивный осьминог — атакует российский атомный подводный крейсер, вызывая его катастрофу и исчезновение. На поиски пропавшей субмарины отправляется вторая подлодка под командованием капитана Виктора Воронина.
Военная контрразведка послевоенного периода продолжает свою невидимую борьбу. Знакомые по первому сезону герои — капитан Павел Семенов и майор госбезопасности Алексей Ермаков — вновь оказываются на передовой операции, целью которой является нейтрализация немецких агентов, действующих на территории страны. Их команду пополняет новый персонаж — Константин Лавров.