Фильм переносит зрителя в мрачную эпоху XVII века, где суеверия и инквизиция правят законом. Молодая женщина Персефона, спасённая от костра по приказу преподобной матери, оказывается в стенах отдалённого монастыря, который должен стать местом покаяния и духовного обновления. Однако тишина и уединение этого святого места быстро оборачиваются против неё.
Фильм «Чернильное сердце» — это масштабное фэнтези-приключение, где слова становятся реальностью. Главный герой, Мортимер «Мо» Фольхарт, — переплётчик с необычным талантом: читая книгу вслух, он может переносить её персонажей в наш мир. Однако этот дар имеет горькую обратную сторону — за каждое оживлённое существо в нашем мире должно остаться что-то из нашего, будь то предмет или человек.