Действие разворачивается в Японии в 1943 году, в разгар Тихоокеанской войны. Три года назад погибла мать одиннадцатилетнего Махито, а теперь отец, занятый на оборонном заводе, отправляет сына в родовое имение в глубинке. Там мальчик оказывается в окружении беременной мачехи, пожилой прислуги и тяжёлой атмосферы утраты.
В мире, скрытом от человеческих глаз, под старым домом в глухой деревне живёт семья лилипутов. Они выживают, аккуратно «заимствуя» у людей мелкие предметы — булавку, кусочек мыла, конфетную обёртку. Юная и смелая Ариэтти, последняя в своём роду, решает присоединиться к первой вылазке за едой. Но неудачная встреча с четырнадцатилетним Сё, больным мальчиком, приехавшим на отдых, разрушает...