Фильм переносит нас в постапокалиптический мир, где техногенная катастрофа стёрла прежние законы, а на обломках старого порядка возродились древние силы. Магия снова течёт по земле, но вместе с ней пробудились и кошмарные твари, превратившие выживание в ежедневную борьбу. В последнем оплоте человечества — городе Земля — правит королева, чьё тайное поручение отправляет в самое сердце опасности...
В тихой, но гнетущей атмосфере отдалённого поместья, затерянного среди мрачных британских болот и густых лесов, разворачивается история о потере невинности и ужасающей правде. Девочка Уиллоу живёт здесь со своими родителями и дедушкой, и с самого детства её окружает странная, давящая атмосфера секретности.
Мир, где тайные агенты были главной силой поддержания баланса, рухнул в одночасье. Агентство «Цитадель», некогда бывшее всемирным щитом против террора и хаоса, было уничтожено, а его лучшие оперативники — лишены прошлого. Их навыки остались, но воспоминания о миссиях, союзниках и собственной жизни стёрты навсегда.
Элла живёт в тени своей матери — безжалостной и гениальной легенды пластилиновой анимации, чьё здоровье рушится. Когда инсульт прерывает работу над последним шедевром, Элла, наконец, пытается вырваться из-под контроля, переезжая в старую, сырую квартиру. Её новое одиночество нарушается знакомством с загадочной соседкой-девочкой, которая делится мрачной историей о пропавшей подруге.
Пожилой астроном Августин всю жизнь изучает звёзды. Когда приходят новости о некой катастрофе, он остаётся совершенно один на арктической исследовательской станции. Именно там он встречает загадочную девочку Айрис, пока постепенно затихают отголоски остального мира. В это время, возвращаясь после миссии у Юпитера, к Земле летит экипаж корабля «Эфир» во главе с капитаном Салливан.