Драма, основанная на библейских текстах и исторических хрониках, показывает последние дни апостола Павла. После бурного прошлого, когда он преследовал первых христиан, Павел становится одним из самых активных миссионеров, развозящих учение по всей Римской империи. Фильм сосредоточен на периоде его заточения в темнице Мамертинской тюрьмы в Риме, где он ожидает суда и смертного приговора.
Фильм «Агора» переносит зрителя в Александрию начала V века, когда великий античный мир, ослабленный внутренними раздорами, стоит на пороге глубоких перемен. Римская империя теряет былое могущество, а на её обломках стремительно возвышается новая сила — христианство, которое, опираясь на поддержку простого народа, начинает активно вмешиваться в политику.