Пять лет после событий первого фильма борец с экологическими преступлениями Джонас Тейлор возвращается в бездну. Его новая миссия связана с секретной глубоководной станцией, расположенной в одной из самых загадочных зон океана — Марианской впадине. Эта заповедная зона, существующая миллионы лет в полной изоляции, скрывает невероятную экосистему и древних гигантов, включая тех самых мегалодонов.
Доктор Элис, чьи исследования ночных кошмаров и параноидальных видений граничат с личной одержимостью, получает необычный вызов. К ней обращается молодая семья, измученная необъяснимыми ужасами, которые повторяются каждую ночь с пугающей точностью. Стандартные методики лечения сном и психотерапия бессильны перед явлением, явно выходящим за рамки медицинских объяснений.