События происходят в вымышленной школе святой Лилианы, основанной в 1902 году в Мусасино. В этой школе существует «система сестёр» — старшие должны опекать младших, как своих сестёр. Совет школы здесь носит название Ямаюрикай, он состоит из трёх старших учениц, носящих имена-титулы Роз: Роза Хиненсис, Роза Фетида и Роза Гигантея. Младших Сестёр трёх Роз называют «бутонами».
Действие разворачивается в эпоху Сэнгоку, когда Япония охвачена хаосом и болезнями. В заброшенной провинции Ямасиро, откуда все бегут от смертельной чумы, скрывается древнее зло. Глава самурайского клана Мотидзукэ, пытаясь понять происходящее, отправляет на разведку отряд ниндзя Кога. Но они сталкиваются с нечто необъяснимым: существовами, чья сила превосходит любое человеческое представление.