«Люди Икс: Тёмный Феникс» завершает сагу о команде мутантов в её классическом составе. События разворачиваются в 1990-х, где Люди Икс, наконец, признаны обществом и работают официальными спасателями. Во время рискованной миссии по спасению астронавтов в космосе Джин Грей погибает, но её тело поглощает древнюю инопланетную сущность — силу Феникса.
В футуристическом мире учёные Зои и Коул работают над прорывной технологией — созданием идеальных романтических партнёров-синтетиков, способных адаптироваться под любые пожелания и избавить человечество от боли неразделённой любви и одиночества. Их проект, кажется, близок к совершенству, но по мере развития экспериментов результаты становятся всё более неоднозначными и пугающими.