«Люди Икс: Тёмный Феникс» завершает сагу о команде мутантов в её классическом составе. События разворачиваются в 1990-х, где Люди Икс, наконец, признаны обществом и работают официальными спасателями. Во время рискованной миссии по спасению астронавтов в космосе Джин Грей погибает, но её тело поглощает древнюю инопланетную сущность — силу Феникса.
Фильм переносит зрителей в эпицентр одного из самых громких дел в истории ФБР. Террористический акт в Далласе становится лишь верхушкой айсберга, за которым скрывается невероятная и пугающая правда. Спецагенты Фокс Малдер и Дана Скалли, известные своим неортодоксальным подходом, берутся за расследование, которое быстро уводит их от стандартных версий.
Майкл, работающий сапером в полиции Бостона, собирается жениться на Энн и стать отцом для её дочери. Он тщательно скрывает своё прошлое — в молодости он был成员 ирландской террористической группы, специалистом по взрывчатке. Его мастерство когда-то спасло сотни жизней, но одновременно привело к гибели товарищей и возлюбленной, дочери его собственного учителя, мистера Дойла.