Бывший охотник за головами Хаб Хэллоран погибает во время очередного задания, попав в засаду, устроенную бандитами. Смерть кажется окончательной, однако он неожиданно приходит в себя, а его страшная рана затягивается само собой. Этот мистический акт возрождения оказывается не случайным — Хаб понимает, что его жизнь теперь зависит от новой, кошмарной работы.
События разворачиваются в октябре 1988 года в тихом пригороде. Донни Дарко — подросток с проблемами сна и склонностью к бунту, который живёт в семье, не до конца понимающей его. Его жизнь кардинально меняется после таинственной встречи с человеком в костюме огромного кролика по имени Франк. Этот персонаж сообщает Донни конкретную дату и время конца мира и даёт ему первую задачу.