В этом мультфильме знаменитая команда расследователей невидимых угроз сталкивается с явлением, которое кажется вымышленным сюжетом из книг. Приглашённые в городок Салем гостьей знаменитого писателя Бена Рэйвенкрофта, Шэгги, Фред, Дэльма, Велма и их четвероногий напарник Скуби-Ду быстро понимают, что местные легенды об опасной ведьме, сожжённой несколько столетий назад, обрели пугающую реальность.
После событий, приведших к спасению Спока и захвату клингонского корабля, экипаж «Энтерпрайза» возвращается на Землю, чтобы предстать перед трибуналом за многочисленные проступки. Однако их ожидает куда более глобальная угроза: к планете приближается огромный инопланетный аппарат, который блокирует солнечную энергию и вызывает катастрофические погодные аномалии.