Мультфильм «Чарли и фантастическая четверка» переносит зрителя в удивительный мир, где древние магические артефакты — волшебные маски — определяют судьбу целых народов. Главный герой, мальчик-сирота Чарли, живущий на улицах современного города, по стечению обстоятельств попадает в это иное измерение.
Действие разворачивается в мрачном Сан-Франциско 1987 года. Главный герой, бездомный сирота по имени Маркус Лопес, случайно оказывается в стенах таинственной академии, которая на первый взгляд кажется обычной частной школой для одарённых подростков. Однако эта академия — последний оплот древнего тайного общества, готовящего новое поколение убийц.