Галактическая Республика, некогда символ мира, сейчас охвачена пламенем Войн клонов. На поле боя сходятся легионы клонов-солдат, подчиняющихся канцлеру Палпатину, и бесчисленные армии дроидов, ведущие граф Дуку. С каждым днём тьма сгущается, а древний орден джедаев, стражей справедливости, оказывается перед лицом невиданной угрозы.
Третья и заключительная часть масштабной научно-фантастической саги братьев Вачовски продолжает историю борьбы освобождённого humanity против машин. Фильм развивается по двум параллельным сюжетным линиям. Первая — это отчаянная оборона подземного города Зион, где остатки человечества, включая Морфеуса и его команду, противостоят безжалостному натиску тысяч машин-стражей.
Действие фильма разворачивается через десять лет после приключений юного Анакина Скайуокера. Республика, некогда процветавшая, теперь страдает от внутренних раздоров и коррупции. Могущественное движение сепаратистов, объединяющее сотни планет и корпорации, открыто бросает вызов власти Сената, и джедаев, охраняющих мир, становится всё меньше.