Любимый желтый обитатель подводного города Бикини Боттом снова в центре удивительных событий. Когда из его дома исчезают самые ценные вещи — знаменитые квадратные штаны — Губка Боб не может сидеть сложа руки. Вместе с верным, хотя и не очень сообразительным, другом Патриком Старом он пускается в опасное путешествие по самым малоизвестным уголкам океана.
Кейт, бывшая студентка-метеоролог, оставила поле после гибели бойфренда во время рискованного опыта по изменению торнадо. Её спокойная офисная жизнь в Нью-Йорке рушится, когда появляется Хави — тот самый друг, переживший ту катастрофу. Он убеждает её присоединиться к своей хорошо оснащённой команде в самом сердце «Торнадо-переулка» в Оклахоме, где как раз начинается сезон ураганов.