Фильм «Бог не умер 2» развивает тему, поднятую в первой части, перенося её из университетской аудитории в среднюю школу. Главная героиня, учительница истории Эшли, в ответ на вопрос ученика цитирует Библию, что по закону считается пропагандой религии в образовательном учреждении. Её действия вызывают громкий скандал и приводят к увольнению, после чего она решает отстаивать свои права в суде.
Профессор Расселл Карлайл, известный специалист по Библии и автор влиятельного труда «Изменяющиеся времена», живёт в викторианской эпохе, мечтая о мире без преступлений и войн. Его коллега, изобретатель доктор Андерсон, считает, что идеи Карлайла способны изменить ход истории, и предлагает проверить это на практике.