Любимый желтый обитатель подводного города Бикини Боттом снова в центре удивительных событий. Когда из его дома исчезают самые ценные вещи — знаменитые квадратные штаны — Губка Боб не может сидеть сложа руки. Вместе с верным, хотя и не очень сообразительным, другом Патриком Старом он пускается в опасное путешествие по самым малоизвестным уголкам океана.
Фильм разворачивается в напряжённой обстановке больницы, где раненый профессиональный убийца, участник ожесточённой перестрелки, приходит в себя под присмотром полиции. Его физическое состояние и юридический статус делают любую попытку сбежать почти безнадёжной. Однако ситуацию усугубляет отчаянная сестра преступника, которая, рискуя всем, решает действовать наперекор системе.