Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О'Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара.
Когда на глазах у Дэйва, который ничего не слышит, происходит убийство, а его друг Уолли, ничего не видя, становится единственным, кто всё услышал, их ждёт самое неожиданное приключение. Эти двое, привыкшие справляться с повседневными трудностями, внезапно оказываются в центре опасного криминального заговора.