Десять лет назад во время ремонта спутника на астронавтов напал таинственный рой, вылетевший из лунного кратера. Выживший Брайан Харпер так и не смог доказать НАСА правдивость своей версии, что привело к его отставке и одиночеству. В 2022 году Землю поражает новая катастрофа: Луна резко меняет траекторию и начинает падать на планету, провоцируяtsunami, землетрясения и хаос.
«Люди Икс: Тёмный Феникс» завершает сагу о команде мутантов в её классическом составе. События разворачиваются в 1990-х, где Люди Икс, наконец, признаны обществом и работают официальными спасателями. Во время рискованной миссии по спасению астронавтов в космосе Джин Грей погибает, но её тело поглощает древнюю инопланетную сущность — силу Феникса.