Фильм «Тайна» погружает в историю столкновения двух миров, которые на первый взгляд не имеют ничего общего. Катя, живущая с младшим братом в детском доме, и Соня, воспитываемая в роскоши загородного особняка с помощью гувернантки, сталкиваются с неожиданной связью. Их объединяет секрет, который становится ключом к пониманию самих себя.
В центре истории — трое активных ребят, чья дружба и безграничная фантазия становятся ключом к настоящим чудесам. Их верный спутник Йоко, загадочный и добрый, обладает магией, которая позволяет любым выдумкам обрести форму и реальность. То они окажутся в далёком будущем, исследуя города летающих машин, то — на суровом Северном полюсе, помогая белым медведям.